¿Qué es lo que convierte un genotipo en un fenotipo?

He tratado de aprender esto por mi cuenta y estoy tratando de simular una bacteria simple a partir de su secuencia de ADN disponible públicamente. Lo que he aprendido de varias fuentes de Internet (principalmente Wikipedia), así como de libros populares, se detalla a continuación.

Para entender el ADN tenemos que mirarlo desde una perspectiva evolutiva. Si observa un organismo en particular o más específicamente su genotipo y su fenotipo, es solo una pequeña instantánea de una cadena ininterrumpida de proceso repetitivo de replicación (la salida es una copia del ADN) y la transcripción (la salida es proteínas) como se describe en la respuesta anterior El proceso comenzó desde el comienzo de la vida misma y ha sufrido innumerables cambios (evolución). Esto en mi opinión es un patrón fractal. http://en.wikipedia.org/wiki/Fra…

Los matemáticos han demostrado antes que las estructuras simples como la vida pueden representarse mediante un conjunto simple de ecuaciones iteradas en numerosas ocasiones.
Un helecho por ej. http://en.wikipedia.org/wiki/Bar…. En lugar de colocar puntos en una imagen como lo hace la ecuación del helecho, el ADN coloca estructuras 3D complejas con muchas propiedades físicas diferentes llamadas proteínas.

Entonces, el ADN es el conjunto simple de ecuaciones que dan lugar a estructuras complejas si se les permite repetir un tiempo enorme. La estructura que vemos es una forma emergente (http://en.wikipedia.org/wiki/Eme…) de este proceso de fabricación de proteínas y otros procesos asociados que se perciben como fenotipo.

Estoy tomando Science 200 a la edad de 68 años y, sin duda, es una experiencia nueva para mí. Estoy aprendiendo sobre el ADN y el ARN y es un desafío, no podría responder esa pregunta. Gracias