La búsqueda BLAST es fundamental para comprender la relación de cualquier secuencia de consulta favorita con otras proteínas conocidas o secuencias de ADN.
Sí, se pueden extraer muchas inferencias interesantes como.
1) Identificar ortólogos y parálogos. Sin embargo, aquí puedo argumentar que BLAST no lo ayuda a determinar fuertemente si los genes son otrólogos y parálogos. En lugar de elegir un valor E estricto y una fracción de residuos alineados, decidir si considerar dos genes ortólogos o Paralogous debería basarse idealmente en un estudio funcional. Por ejemplo: si dos genes contienen algunos dominios homólogos pero al mismo tiempo también tienen un dominio no homólogo, los genes pueden considerarse con seguridad como parálogos, pero si tienen la misma estructura de dominio , solo un estudio funcional determinará si los genes son ortólogos o paralogos.
2) Descubriendo nuevos genes o proteínas El protien y el nucleótido BLAST juegan un papel importante aquí. Usaremos el programa blastp , que compara las consultas de proteínas con las bases de datos de proteínas, como un prototipo para BLAST, aunque las ideas presentadas se extienden inmediatamente a otras versiones que involucran La traducción de una consulta o base de datos de ADN. Esta es una variación que se ha agregado recientemente a BLAST y es aplicable también a la comparación ADN-ADN, pero aún no se ha implementado.
Además de lo anterior, siempre puede buscar descubrir variantes de genes y proteínas, investigar EST (etiquetas de secuencia expresada) y explorar la estructura y función de la proteína
- ¿Cómo se mantiene la información en el ARN?
- ¿Cuánto tiempo es estable el ARN a -20 grados centígrados?
- ¿Cuáles son algunos problemas o desafíos interesantes en el campo de la biología molecular?
- ¿Qué mecanismos usan las células para evitar que las islas CpG sean metiladas?
- ¿Por qué se usa SDS en el aislamiento de ADN?
