¿Hay dos genes en desequilibrio de ligamiento en humanos también más propensos que no a estar en desequilibrio de ligamiento en otros animales?

TL; DR: Sí, con una mayor probabilidad en las especies más estrechamente relacionadas con los humanos, por las dos razones por las cuales dos genes humanos podrían estar en desequilibrio de ligamiento en humanos.

Respuesta completa: La mayoría de los casos de desequilibrio de ligamiento, es decir, cuando ciertos alelos de cada gen se heredan juntos más a menudo de lo que cabría esperar por casualidad, son causados ​​por los dos genes que están juntos en el mismo cromosoma. Cuanto más cerca estén, menos probable es que haya algún evento de recombinación entre los dos genes durante la meiosis, y es más probable que los dos alelos en el cromosoma parental original se hereden juntos, como una unidad.

Los genes que están juntos en un cromosoma humano tienen más probabilidades de estar juntos en el mismo cromosoma en otras especies. La probabilidad real depende de cuán estrechamente relacionada esté la especie en cuestión con los humanos: es mucho más probable en chimpancés que en, por ejemplo, ovejas, donde ha pasado mucho más tiempo desde que tuvo lugar el último ancestro común para la reordenación cromosómica. . (Un buen artículo que describe este fenómeno, también conocido como synteny, aquí: las comparaciones de synteny de genes entre diferentes vertebrados proporcionan nuevas ideas sobre los eventos de rotura y fusión durante la evolución del cariotipo de mamíferos).

Dos genes humanos que están en cromosomas diferentes también pueden estar en desequilibrio de ligamiento, aunque esto es relativamente raro (EDITAR: ver comentarios para advertencias). Esto sucedería donde, por ejemplo, el Gene 1 tiene dos alelos (A y a), el Gene 2 tiene dos alelos (B y b), y hay una combinación particular (por ejemplo, ab) que hace que las crías que lo reciben sean menos propensas a sobrevivir. En este caso, vería más combinaciones AB, Ab y aB de las que esperaría por casualidad, y menos combinaciones ab. (No conozco ningún ejemplo específico en humanos, pero encontré un documento muy técnico que dice que hay alguna evidencia de que esto está sucediendo. No tengo los antecedentes adecuados para examinar este documento a fondo, pero aquí está: Desequilibrio de ligamiento entre cromosomas en el genoma humano: estadísticas de prueba y computación rápida)

Es de esperar que la combinación ab también reduzca la posibilidad de supervivencia de la descendencia en otras especies. Nuevamente, la probabilidad será mayor en especies estrechamente relacionadas con los humanos que en especies donde ha pasado mucho más tiempo desde el último ancestro común, y por lo tanto, más tiempo para que los genes 1 y 2 modifiquen sus funciones e interacciones.

No. No sé si alguien realmente ha probado esto, pero hay buenas razones para creer que el LD no es transferible entre especies.

Primero, seamos claros que estoy discutiendo LD, no vinculación. Synteny a menudo se conserva en todas las especies, especialmente las relacionadas, pero interpreto su pregunta para preguntar si una combinación de alelos, es decir, las variantes tenderán a asociarse de la misma manera en todas las especies. Estamos discutiendo loci polimórficos . En otras palabras, mientras que una combinación de alelos AB se puede preservar en todas las especies (donde no existen aob), LD habla sobre si se conserva un patrón 0.5 AB, 0.5 ab. Las frecuencias y los polimorfismos son importantes cuando se habla de LD .

1. Las especies divergentes habrán sufrido muchas meiosis. Los patrones de LD rara vez se conservan en las poblaciones, incluso dentro de una especie. Mucho trabajo de mejoramiento asistido por marcadores ha demostrado esto. QTL que los genetistas mapean a menudo solo es válido para una población muy estrecha. Incluso los marcadores estrechamente vinculados a menudo fallan. Las especies son tan divergentes que romperían eso.
2. Los SNP rara vez se comparten entre las especies, a menos que estén bajo selección, o las especies se hayan separado recientemente.
3. Incluso si se comparten SNP, LD implica que se preservan frecuencias particulares de las fases alélicas. Durante el proceso de especiación, la selección es lo único que podría preservar esto, pero esta selección es específica: requeriría la misma selección divergente para dos fases en ambas especies.

Probablemente siempre haya excepciones a la regla. Probablemente hay algunos ejemplos de genes extremadamente estrechamente vinculados (y por extremadamente estrechamente ligado me refiero a una distancia efectiva de 0 cM) que pueden mantener LD entre especies, así como combinaciones de alelos que están bajo selección divergente. Pero la LD de genes particulares no debería traducirse entre especies.

Si son un cromosoma diferente, no debería haber un enlace, ¿verdad?

Si entiendo LD correctamente como una función de barridos selectivos recientes versus distancia entre los genes, debería ser capaz de tener niveles muy diferentes en especies divergentes.