Hasta ahora, no se ha encontrado ningún dinosaurio con ningún tipo de sistema reproductivo preservado, o dos dinosaurios preservados en posición de apareamiento, por lo que el registro fósil aún permanece en silencio.
Filogenéticamente, la expectativa es que son exactamente como las aves: los machos y las hembras tienen una cloaca, y los juntan cuando se aparean. Sin pene en absoluto. Por lo menos, si no es aplicable a todos los dinosaurios, este es probablemente el caso de los terópodos, el linaje al que pertenecen las aves.
Los patos y los penes de aves acuáticas son una condición única y derivada, no informativos para los dinosaurios.
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Sin embargo, la geometría del apareamiento con una cloaca puede ser un poco funky: es imaginable con velociraptors o incluso T-Rex, pero tengo dificultades para imaginar cómo los anquilosaurios o estegosaurios podrían lograrlo. Por lo tanto, es posible que haya habido un pene de cocodrilo presente. Los cocodrilos tienen una cloaca, pero más cerca de la temporada de apareamiento, el macho se expande y se convierte en una estructura parecida al pene. Si es lo suficientemente grande, sin duda sería más fácil para el estegosaurio macho montar una hembra.
Creo que esperar un hallazgo de fósiles para iluminarnos es muy optimista, aunque recientemente hemos descubierto tortugas fósiles casi en posición de apareamiento, por lo que no es totalmente inútil. Hasta entonces, el modelado biomecánico debería ofrecer una prueba de todas las hipótesis filogenéticamente informadas: cloaca con forma de ave (muy probablemente, imo) o cloaca con forma de cocodrilo (posible para los dinosaurios fuertemente armados que probablemente no pudieron levantar la cola hasta tocar sus cloacas).
