No existe tal cosa como un “mapa LC-MS” en un sentido general. Ese término es específico para el análisis de proteínas y se refiere al conjunto de péptidos en los que una proteína se descompone mediante un proceso químico realizado antes del análisis de LC-MS. En otras palabras, debido a que las proteínas son tan grandes y se fragmentan en las mismas masas, puede obtener mejores resultados si las separa químicamente de antemano y busca los péptidos resultantes en lugar de la proteína intacta. Discutí este tema con más detalle aquí: la respuesta de Adam Takvam a ¿Qué tan concentrada necesita una proteína para ser identificada en un espectrómetro de masas?
En el análisis de moléculas pequeñas, a menudo es deseable un enfoque similar para poder distinguir las moléculas que tienen una masa similar o para obtener un mayor grado de confianza en la identificación de las mismas. En ese caso, puede inyectar la molécula entera intacta y usar un espectrómetro de masas capaz de fragmentar moléculas, generalmente a través de un gas altamente modificado. Ciertos instrumentos de MS (por ejemplo, Thermo Exactive) le permitirán fragmentar todo lo que se presente. Ese sería un modo de exploración “Full MS2”. Pero más comúnmente, solo desea ver los fragmentos de la molécula que le importa y no un montón de otras masas que abarrotan los espectros. En ese caso, debe decirle al instrumento qué masa debe buscar y solo fragmentar esa “masa precursora”. Este es un modo de escaneo SRM (Thermo: Monitoreo de reacción única) o MRM (Todos los demás: Monitoreo de reacción múltiple). No hay diferencia práctica entre SRM y MRM; ambos pueden usarse para aislar y fragmentar múltiples masas precursoras.
Poniéndolo todo junto: aplica un proceso químico para dividir la proteína en una colección de péptidos. Los valores de MS m / z (o “masas” o “características” o “señales”) para esos péptidos es el mapa de péptidos para la proteína original. Luego, puede especificar esas masas en el método del instrumento como masas precursoras para aislarlas y fragmentarlas, lo que da como resultado datos MS2 que se utilizan para proporcionar un mayor grado de certeza de que los péptidos son de hecho los que usted cree que son. Tenga en cuenta que algunos instrumentos le permiten fragmentar recursivamente hasta 10 veces.
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