La topología de las proteínas unidas a la membrana se determina mediante secuencias de inicio-transferencia y señal de parada . Estos son tramos hidrofóbicos de aminoácidos que interactúan favorablemente con el interior hidrofóbico de las membranas de fosfolípidos. En las proteínas transmembrana multipaso, una cadena polipeptídica naciente pasa de un lado a otro a través de la membrana que se inicia mediante una secuencia de inicio y se detiene hasta que se encuentra una secuencia de detención. Una segunda secuencia de inicio más abajo puede iniciar la reinserción en la membrana hasta que encuentre una segunda secuencia de detención, y así sucesivamente. Un ejemplo ilustrado es golpe:
Proteína transmembrana de un solo paso
Proteína de un solo paso con secuencia de señal interna
Proteína transmembrana de doble pase
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Proteína transmembrana de pase múltiple con diagrama de hidrofobicidad asociado para predecir dominios TM
Figura de Alberts et al, Molecular Biology of the Cell