¿Han identificado los científicos la propiedad de un átomo que determina qué colores del espectro absorber y cuáles reflejar? ¿Cómo funciona todo este concepto con moléculas transparentes como el vidrio y otros líquidos transparentes?

Sí, ese mecanismo es muy conocido. Si la molécula es capaz de absorber una determinada longitud de onda y volver a emitirla más tarde a una longitud de onda diferente, la molécula parecerá oscura a esa longitud de onda particular de luz. Si la molécula absorbe la longitud de onda y la reemite inmediatamente en la misma longitud de onda (las superficies metálicas a menudo lo hacen), la molécula parecerá brillante en ese color / longitud de onda en particular. Si la molécula tiene poca o ninguna interacción con la longitud de onda particular, parecerá transparente a ese color / longitud de onda. Ahora, a partir de la combinación de los colores presentes en la luz (el blanco puro tendrá todos los visibles), los colores que se absorben, los colores que se reflejan y los colores que atraviesan el cuerpo, sus ojos percibirán un objeto de un color particular

Es muy complejo, depende de las propiedades cuánticas de los átomos, y los tipos de enlaces que tienen con otros átomos, y la cantidad de electrones libres. Por ejemplo, el color del oro depende de algunos efectos cuánticos muy sutiles.