tl; dr: no tenemos suficientes datos, pero se postula que la mayoría de los SNP que causan enfermedades están codificando, y la farmacogenómica no es diferente.
—-
Hablando en general, y no hacia la farmacogenómica específicamente, los estudios que han incluido regiones no codificantes han descubierto algunos SNP asociados a enfermedades en regiones no codificantes. Las regiones no codificantes solían llamarse “ADN basura”. Ahora sabemos que algunos de ellos tienen propiedades funcionales, algunos están en regiones no codificantes conservadas evolutivamente, algunos se consideran reguladores hacia la región codificante (causando empalme diferencial u otra expresión diferencial de genes).
Los estudios de GWAS fueron populares (y en curso) e incluyeron el genotipado de chips (léase: interrogue solo SNP específicos). Estos encontraron un sorprendente número de SNP no codificantes asociados a la enfermedad. Los SNP no codificantes descubiertos se tratan con escepticismo, se interrogan para determinar si esos SNP pueden ser SNP de etiqueta, en lugar de causales (en LD con el SNP causal). Genomewide Association Studies and Assessment of the Risk of Disease – NEJM
- ¿El ADN define exactamente en quién nos convertimos?
- ¿Las diferencias de coeficiente intelectual promedio entre los grupos raciales son atribuibles a la genética?
- ¿Cómo puede un niño de 13 años lograr su objetivo de reducir drásticamente el envejecimiento con tecnología?
- ¿Cuáles son ejemplos de mutaciones positivas?
- ¿Por qué la vida útil varía tanto entre especies?
Luego hubo estudios de resecuenciación de genes candidatos. Esto requería una hipótesis a priori sobre qué genes estarían asociados con la enfermedad. No quisiera sacar una conclusión sesgada de muestreo en cuanto a si la mayoría de los SNP que causan enfermedades están en la codificación basada en estos.
Hoy en día, se están realizando más estudios de secuenciación, específicamente secuenciación del exoma (¡lea: solo codificación!).
Entonces, realmente no tenemos todos los datos para concluir esta pregunta. Pero cada vez hay más datos completos de genotipos disponibles. p.ej. http://www.1000genomes.org/
Alguien con más experiencia en genética evolutiva tendrá una respuesta más satisfactoria basada en la teoría actual.
—-
Artículo bastante actual sobre el estado de la farmacogenómica:
http://www.nejm.org/doi/full/10….
interesante artículo sobre la secuenciación del exoma en 12 de los genes cyp (¡responsable del 75% de las reacciones de oxidación farmacológicas conocidas!) Cuantificación de variaciones raras y perjudiciales en 12 … [Hum Mol Genet. 2014]
