El algodón y otros cultivos monocultivos requieren un uso intensivo de pesticidas ya que varios tipos de plagas atacan estos cultivos causando daños extensos. En los últimos 40 años, muchas plagas han desarrollado resistencia a los pesticidas.
Hasta ahora, el único enfoque exitoso para diseñar cultivos para la tolerancia a los insectos ha sido la adición de la toxina Bt, una familia de toxinas originalmente derivadas de las bacterias del suelo. La toxina Bt contenida en los cultivos Bt no es diferente de otros pesticidas químicos, pero causa mucho menos daño al medio ambiente. Estas toxinas son efectivas contra una variedad de plagas de cultivos económicamente importantes, pero no representan un peligro para los organismos no objetivo como los mamíferos y los peces. Tres cultivos Bt ahora están disponibles comercialmente: maíz, algodón y papa.
A partir de ahora, el algodón es el más popular de los cultivos Bt: se plantó en aproximadamente 1,8 millones de acres (728437 ha) en 1996 y 1997. El gen Bt se aisló y transfirió de una bacteria bacillus thurigiensis al algodón americano. El algodón americano se cruzó posteriormente con algodón indio para introducir el gen en variedades nativas.
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La variedad de algodón Bt contiene un gen extraño obtenido de bacillus thuringiensis. Este gen bacteriano, introducido genéticamente en las semillas de algodón, protege a las plantas del gusano (A. lepidoptora), una importante plaga de algodón. El gusano que se alimenta de las hojas de una planta de algodón BT se vuelve letárgico y somnoliento, causando así menos daño a la planta.
Las pruebas de campo han demostrado que los agricultores que cultivaron la variedad Bt obtuvieron entre un 25% y un 75% más de algodón que aquellos que cultivaron la variedad normal. Además, el algodón Bt requiere solo dos pulverizaciones de pesticida químico contra ocho pulverizaciones para una variedad normal. Según el director general del Consejo Indio de Investigación Agrícola, India usa aproximadamente la mitad de sus pesticidas en algodón para combatir la amenaza del gusano de la cápsula.
El uso del algodón Bt ha llevado a un aumento del 3% al 27% en el rendimiento del algodón en los países donde se cultiva.