En mi opinión, las interacciones proteína-lípidos (PLI). Aquí están mis razones:
- PLI está relativamente inexplorado : las interacciones proteína-proteína (PPI) se han estudiado durante mucho tiempo, mientras que PLI es relativamente nuevo.
- Falta de sistemas bien caracterizados : para hacer modelos es muy importante tener sistemas o prototipos bien caracterizados. Desafortunadamente, todavía hay una gran brecha en nuestra comprensión de las proteínas de membrana (MP) y el plegamiento de proteínas de membrana.
- Comprender la termodinámica de las moléculas anfifílicas : la termodinámica del autoensamblaje de bicapas / lípidos juega un papel importante en PLI, y las diferentes mezclas de lípidos tienen diferentes características o comportamiento de fase. Las células también tienen la capacidad de regular estrictamente la composición lipídica, lo que hace que sea más difícil predecir o modelar estas interacciones.
Diagrama de fases de la mezcla de colesterol DMPC +, de: Simulación molecular del diagrama de fase DMPC-colesterol
- Naturaleza de las fuerzas físicas subyacentes : aún existe cierto debate sobre las fuerzas físicas que rigen la PLI y el papel de la correspondencia hidrofóbica.
- Propiedades físicas : el tamaño del sistema es crucial mientras se estudia PLI (se pueden obtener resultados completamente diferentes con dos vesículas de diferente tamaño). Esto significa que necesita modelar sistemas más grandes para poder capturar las propiedades fisicoquímicas correctas. Incluso diferentes grosores de bicapa pueden dar lugar a interacciones completamente diferentes.
En resumen, las proteínas solubles están mucho mejor caracterizadas. Cuanto más aprendamos sobre la estructura y función de las proteínas de membrana, más progresaremos en el modelado de las interacciones proteína-lípidos.
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