La endogamia aumenta las posibilidades de que un gen defectuoso recesivo pase a la siguiente generación, mientras que la reproducción fuera del conjunto de genes familiares supera los genes recesivos y los diluye. Por esta razón, la descendencia resultante de la endogamia ha disminuido la aptitud biológica, al haber acumulado múltiples genes defectuosos.
A corto plazo, la endogamia provoca un aumento de abortos espontáneos y una mayor mortalidad infantil. Esto a menudo se acompaña de una disminución de la tasa de crecimiento y un tamaño adulto más pequeño. Tendrán una mayor asimetría facial y un mayor riesgo de trastornos genéticos y un sistema inmunitario disfuncional.
Históricamente, hay registros de los efectos secundarios de la endogamia humana. La Casa Europea de los Habsburgo era infame por la endogamia y el “labio de los Habsburgo”, una extensión excesiva de la mandíbula inferior más allá de la superior, se citó como un mal efecto.
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Carlos II Habsburgo, el último de la línea de su casa, no pudo masticar adecuadamente su comida. También tenía otras discapacidades físicas, intelectuales y emocionales extensas.
Los niños producidos por generaciones de endogamia tendrán retraso en el crecimiento, rasgos torcidos o desproporcionados, y sufrirán discapacidades mentales, con un probable desarrollo emocional atrofiado.
La endogamia entre humanos aumentará la mortalidad infantil y la infertilidad cada generación, probablemente hasta que la línea se extinga, como sucedió con la Casa de los Habsburgo.