Entonces las principales variables son:
1) tamaño del genoma
2) A qué grado de contigüidad apunta.
Digo ‘apuntar a’, ya que el precio depende del tipo de construcción / secuencia de la biblioteca que usted haga; el resultado real también depende del contenido repetido del genoma.
Pero querías ejemplos …
Trabajo en biología del genoma de vertebrados en el Broad Institute, y secuenciamos un nuevo genoma de mamífero (~ 3 Gb) por ~ $ 100K usando la receta Illumina / ALLPATHS-LG que incluye 40kb Fosills. Esto le brinda una alta contigüidad para un proyecto de ensamblaje Illumina (Scaffold N50: 10-50Mb, Contig N50: 20-50kb). Sin embargo, eso incluye muchos costos de mano de obra, por lo que puede hacerlo más barato si lo hace todo usted mismo.
También estamos trabajando en un método más barato (Illumina / DISCOVAR), y todavía no tenemos un precio real, pero sería más de $ 20-30K (no me dejes llevar por esto), y le daría un conjunto de contigity de contigüidad más baja (contig N50: 40-100 kb).
Todo esto es diferente para los vertebrados con genomas más pequeños (0.5-3Gb), y nada de esto aplica para genomas de tamaños drásticamente diferentes (es decir, virus, bacterias o cualquier cosa mucho más grande que 3 Gb)
¿Cuánto cuesta secuenciar un genoma nuevo?
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