Aumenta la afinidad de una proteína de unión moderadamente fuerte. La proteína que se está desarrollando se une (fusiona) a otra proteína para llevarla a la superficie de la célula (pantalla de levadura) o se une a un virus bacteriófago (pantalla de fago). Las proteínas no ligantes se separan luego de las proteínas ligantes lavando las proteínas no ligantes o uniendo una proteína fluorescente a la diana y usando la clasificación de células activadas con fluorescencia (citometría de flujo) para separar los ligantes de los no ligantes.
El aumento de la afinidad de unión es la aplicación más popular para la evolución dirigida por dos razones:
- Es útil. Hay muchas situaciones en las que tiene dos proteínas que se unen y desea aumentar la afinidad o especificidad de la interacción.
- Es más sencillo de configurar que otras aplicaciones. El uso de la evolución dirigida para la actividad enzimática requiere que la reacción sea crítica para la supervivencia de la célula. Como este no suele ser el caso para la mayoría de las reacciones, significa que la reacción objetivo debe estar vinculada a una reacción separada que es crítica para la supervivencia, que técnicamente no es simple.