1. Reconocimiento de plantilla y alineación inicial: alineación de la secuencia de consulta a la base de datos para una secuencia para la cual la estructura ya está en la base de datos con identidad significativa (en otras palabras, encontrar un homólogo con la estructura de donde obtuvo su nombre “Homología”).
2. Corrección de alineación:
3. Generación de la red troncal: cuando la alineación está lista, puede comenzar la construcción del modelo real. Crear la columna vertebral es trivial para la mayoría del modelo: uno simplemente copia las coordenadas de los residuos de plantilla que aparecen en la alineación con la secuencia del modelo
4. Modelado en bucle: la alineación entre el modelo y la secuencia de la plantilla contiene huecos. O bien huecos en la secuencia del modelo o en la secuencia de la plantilla (inserciones). En el primer caso, uno simplemente omite residuos de la plantilla, creando un agujero en el modelo que debe cerrarse. En el segundo caso, uno toma la columna vertebral continua de la plantilla, la corta e inserta los residuos que faltan.
5. Modelado de cadena lateral: cuando comparamos las conformaciones de cadena lateral (rotámeros) de residuos que se conservan en proteínas estructuralmente similares, encontramos que a menudo tienen ángulos χ1 similares. Por lo tanto, es posible copiar simplemente los residuos conservados completamente de la plantilla al modelo.
6. Optimización del modelo
7. Validación del modelo
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