¿Son los átomos y las partículas de átomos (electrón, protón) visibles bajo un microscopio?

Definitivamente no.
Hay algo conocido como el principio de incertidumbre de Heisenberg, que no permite determinar la posición de partículas realmente pequeñas.
El punto es que si realmente quieres ver un electrón o un protón, necesitas usar luz de longitud de onda que es tan pequeña como la partícula. Pero debido a que la longitud de onda es muy pequeña, el fotón es lo suficientemente energético como para patear la partícula desde su posición, y eso significa que realmente no podemos conocer la posición inicial de la partícula, solo obtenemos una imagen borrosa de la partícula porque se desplaza de su posición original

Nunca. No bajo los mejores microscopios ópticos que el dinero puede comprar. Los microscopios de barrido de haz de túnel electrónico pueden ver la mayor parte externa de grupos de átomos si son metálicos y sólidos. Tales microscopios nunca verán partículas subatómicas y núcleos. Para “ver” algo más pequeño se necesitan las máquinas más grandes y potentes conocidas por el hombre llamadas aceleradores de partículas nucleares y sus variados sistemas detectores de partículas nucleares.

Sí, usando medios especiales. Hace poco leí sobre un microscopio en el que una sonda de metal se mueve a través de una superficie y “siente” los átomos en la superficie. Envía un voltaje variable que se convierte en una visualización. Parece ser una rutina ahora.