Cómo organizar la investigación y las notas de investigación de la ciencia de datos (informática, estadística, etc.)

Sugiero probar Docear. Es un software gratuito de mapeo mental diseñado para ayudar también a administrar la biblioteca de literatura.
Tiene muchas cosas convenientes. Lo que me gusta en particular es que puede importar de manera conveniente sus notas de documentos pdf, asociar los archivos y las entradas del mapa mental con los objetos bibtex. Y hay un complemento gratuito para usar los archivos bibtex en documentos de Word.
También permite tener imágenes y ecuaciones de látex como entradas. Puede almacenar referencias en archivos en el disco duro. También admite la configuración de notificaciones con diferentes entradas de mapas mentales.
Lo uso para tomar notas sobre lo que estoy haciendo durante más de dos años y puedo buscar por palabras clave para recordar rápidamente una idea.
Lo que le falta es el reconocimiento automático de texto de imágenes, como en Evernote. Pero esto no es gran cosa porque puedes tomar notas cortas de texto. Además, la importación automática de la referencia de papel desde un archivo pdf no siempre funciona, pero esto tampoco es crítico.