¿Existe una forma estándar de medir si una mutación es beneficiosa para un organismo?

No realmente, que yo sepa. Si el organismo muere sin reproducirse, entonces claramente no fue beneficioso. Más allá de eso, creo que se mediría en la frecuencia de la mutación en una población a lo largo del tiempo, no en el individuo. Si la mutación se vuelve más frecuente en una población, uno diría que es beneficiosa.
Pero algunas mutaciones solo son beneficiosas si no son un porcentaje demasiado grande de la población. Entonces, la mayoría de los salmones del Pacífico macho cambian de color y mandíbulas antes de aparearse. Usan esto y su tamaño para competir por las mujeres. Algunos no migran ni cambian de color y se quedan pequeños. Se llaman zapatilla de salmón “jack”. Usan su pequeño tamaño para colarse cuando la hembra deja caer sus huevos en el fondo del río. Si fueran un porcentaje demasiado alto en la población, no tendrían éxito. Pero cuando esta mutación es pequeña, pueden evitar los riesgos de ir al mar durante varios años para obtener alimentos para crecer y aún así aparearse.
Uno puede “medir” cuán beneficioso es este rasgo por cómo se propaga a través de una población a través de generaciones.

Un método popular para detectar una selección positiva fuerte en una región es buscar haplotipos largos, lo que indica que ha habido una gran cantidad de coalescencia reciente en el árbol genético para ese locus.

Este método no mide, para una mutación dada, si es beneficioso o no. Es probable que sea imposible responder a esta pregunta para las variantes que tienen un efecto modesto sobre la aptitud, ya que la deriva genética es mucho más fuerte que la selección para estas variantes.