¿Qué podemos obtener al hacer una PCR usando un cebador de telómero de 30 bases?

Hay dos bits de datos que puede extraer de este experimento:

  1. Tu ADN genómico tiene telómeros. No es la revelación más impactante, pero al menos uno de los cebadores utilizados en estas reacciones se une directamente a las repeticiones teloméricas (como se establece en los comentarios sobre la pregunta). La mayoría de las plantas tienen una repetición telomérica larga de 7 nucleótidos (TTTAGGG) que es presente en cientos a miles de copias en cada extremo cromosómico. Una cartilla complementaria a estas repeticiones puede sentarse en cualquier parte del telómero, lo que le dará productos que pueden comenzar en cualquier extremo de cada telómero o en cualquier punto intermedio. Lo que complica aún más las cosas es el hecho de que el cebador telomérico también puede recocer en cualquier parte del interior de sus productos de PCR de ciclos anteriores, causando una dispersión aún mayor en los tamaños de los productos. Esto explica la mancha en la parte superior de cada carril.
  2. Sus condiciones de PCR no son óptimas. Es probable que la tinción difusa en el fondo de cada carril sea dímeros de cebadores, lo que sugiere que la concentración de cebadores es demasiado alta, la concentración de ADN genómico es demasiado baja o la temperatura de recocido es demasiado baja.

No estoy completamente seguro de lo que espera aprender de este experimento, pero destaca por qué la PCR rara vez se usa para caracterizar los telómeros. Realmente no se puede decir mucho más de lo que los telómeros están presentes en este ensayo, que no es muy informativo. La mayoría de los estudios de telómeros se preocupan por cuánto tiempo duran, y no puede obtener esa información de este experimento. El enfoque analítico más común para investigar la longitud de los telómeros de las muestras vivas es la transferencia Southern. El ADN genómico se digiere con una enzima que corta en la región subtelomérica, se resuelve en un gel de agarosa, se transfiere a una membrana de nylon y luego se sondea con un producto de PCR radiactivo que se hibrida con la región subtelomérica. Esto le permite determinar las distribuciones de longitud de los telómeros con bastante facilidad.