Bueno, lo primero que hace que la idea de exprimir el espacio vacío de los átomos sea realmente difícil de imaginar es que no tenemos forma de hacerlo en física.
Los átomos existen como unidades equilibradas de fuerza fuerte, fuerza débil y fuerza electromagnética. Mantienen los componentes del átomo (quarks que forman protones y neutrones, rodeados de electrones) en equilibrio y permiten muy poco movimiento a esta escala.
Del mismo modo, las moléculas y los sólidos están unidos por fuerzas electromagnéticas que permiten un pequeño margen de maniobra, pero no una compresión que literalmente toca un átomo con otro.
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Por lo tanto, tiene razón al tener problemas para imaginar los elementos que contribuyen a la masa, todos los existentes en el mismo lugar, condensando así la masa en un volumen más pequeño. Así no es como existe la materia.
Pero sí, hay mucho espacio “vacío” entre los quarks y los electrones. Estas partículas en sí mismas no tienen ningún volumen en absoluto. Entonces, literalmente, TODO el espacio entre los tres quarks está vacío. Pero a un protón no le falta volumen porque la separación de los tres quarks define un volumen por su ubicación. Extraño, ¿no es así?