No.
Hay una serie de fuerzas fundamentales: electrostática, magnética, fuerza nuclear (fuerte y débil) y gravedad. Ninguno de estos puede mantener un átomo fuera de cierto perímetro con certeza; En una población de átomos o moléculas, siempre hay individuos que tienen suficiente energía para superar la barrera que colocas, por lo que lo que harás es crear un área de menor densidad, pero no vacía.
Su mejor apuesta son las fuerzas electrostáticas del átomo mismo. Cualquier otro átomo tendrá dificultades para acercarse más que el radio de Van der Waals de su átomo. Pero supongo que esto es más pequeño que la región que tienes en mente.
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También hay un problema con su terminología, creo. Una zona sin átomos se llamaría vacío, por lo que crear una zona sin átomos sería crear un vacío. Si pudiera hacer esto a cualquier escala razonable, podría crear un vacío increíble. Incluso los sistemas técnicos de vacío muy buenos que podemos hacer dejan miles de moléculas por milímetro cúbico.
