Un cebador es una cadena de secuencias cortas de ácido nucleico (generalmente alrededor de 10 pares de bases) que sirve como punto de partida para la síntesis de ADN. La ADN polimerasa que actúa como catalizador comienza la replicación en el extremo 3 ‘del cebador, y copia el filamento opuesto, pero solo puede agregar bases.
Sin embargo, la primasa es una ARN polimerasa típica, capaz de iniciar la síntesis de polinucleótidos de novo colocando un ribonucleósido 5′-trifosfato complementario opuesto a su base de ADN complementaria. La primasa produce un cebador de ARN que la ADN polimerasa puede usar para la extensión de la cadena. El cebador de ARN finalmente se degrada y se reemplaza por una ADN polimerasa.
El cebador de ARN permite que la ADN polimerasa III se una y proporciona un grupo hidroxilo (OH) para que el primer D-nucleótido pueda emparejarse con la cadena parental.
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Características del cebador de ARN
1. los cebadores deben tener 17-28 bases de longitud;
2. la composición base debe ser 50-60% (G + C);
3. los cebadores deben terminar (3 ‘) en un G o C, o CG o GC: esto evita la “respiración” de los extremos y aumenta la eficiencia del cebado;
4. Se prefieren Tms entre 55-80 ° C;
5. Los extremos 3 ‘de los cebadores no deben ser complementarios (es decir, par de bases), ya que de lo contrario los dímeros de cebadores se sintetizarán preferentemente a cualquier otro producto;
6. debe evitarse la autocomplementariedad del cebador (capacidad de formar estructuras 2o como horquillas);
7. las series de tres o más Cs o Gs en los extremos 3 ‘de los cebadores pueden promover la eliminación de errores en las secuencias ricas en G o C (debido a la estabilidad del recocido), y deben evitarse.