En realidad, es todo el sistema, electrones + núcleos, el que emite radiación durante el proceso de desexcitación. Generalmente consideramos un átomo como un electrón que orbita alrededor de un núcleo, pero en realidad ambos orbitan alrededor del centro de masa común. La energía potencial es solo la relativa, siendo la del electrón con respecto al núcleo exactamente igual a la que tiene roles invertidos. Cuando un átomo pasa de un estado estacionario (es decir, un estado con energía definida) a otro de energía más baja, emite radiación para conservar energía. Una vez más: todo el sistema, que significa núcleos y electrones, cae a un estado de energía más bajo, no solo el electrón.
Además, en el caso de los núcleos radiactivos, uno puede tener la desexcitación del sistema del núcleo, sin involucrar a los electrones circundantes, ya que en los átomos pesados los núcleos son estados compuestos de muchos neutrones y protones. Por ejemplo, en la desintegración beta, un neutrón se convierte en un protón, y el resto de la energía se libera como radiación.
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