Yo diría que no hay una “mejor proteína” para construir árboles. El problema es que diferentes proteínas tienen diferentes genealogías. Por ejemplo, debido a que era fácil secuenciar (siendo pequeño y común), algunos de los primeros árboles utilizaron el citocromo c como base. Pero esa es una proteína mitocondrial, y puede dar resultados diferentes de una proteína citoplasmática o una proteína nuclear. Yo diría que la mejor base para dibujar árboles sería comparar genomas completos, y hoy, después de varios años de secuenciación del genoma, tenemos suficiente información para que muchas especies puedan hacer eso.
Supongo que podría marcar la diferencia saber qué tipo de información está buscando. Tenemos algunos genes que son transferencias laterales de bacterias, de hecho, los genes de las proteínas mitocondriales (muchos de los cuales se encuentran en el genoma nuclear) podrían considerarse bacterianos, ya que las mitocondrias parecen estar relacionadas con Rickettsia, una bacteria gramnegativa viva libre.
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