EtBr (bromuro de etidio) es una molécula de estructura grande, plana y de anillos múltiples. Tiene una estructura plana que le permitiría deslizarse o intercalarse entre el par de bases apiladas y reduce la rotación normal por par de bases de 36 ° a 10 °.
Para simplificar, el ion Ethidium disminuiría la torsión del ADN, cambiando así la topología del ADN. El cambio en la topología del ADN puede afectar la expresión del gen y puede conducir a la activación del gen cancerígeno llamado Oncogenes. Aparte de esto, la presencia de iones de etidio entre los pares de bases apiladas detendría la replicación del ADN o causaría una replicación errónea que es fatal para la célula. También altera la transcripción de los genes que conducen a la formación de proteínas defectuosas o a la prevención de la síntesis de proteínas esenciales que son necesarias para la supervivencia celular. La incorporación del Ethidium también conduce a una ruptura bicatenaria o monocatenaria en la molécula de ADN.
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