Todas las variaciones se originan como mutaciones aleatorias, y en las especies de reproducción sexual, se propagan a través de la población a través de la recombinación sexual.
Como regla, las variaciones útiles en realidad no se acumulan mucho. Cualquier nueva mutación que sea realmente útil en el momento en que aparece se verá favorecida por la selección natural, de modo que su presencia en el acervo genético aumentará. Las otras variantes del rasgo en cuestión ahora serán desventajosas en comparación con el nuevo mutante, y su participación en el conjunto de genes disminuirá como resultado del éxito de la nueva mutación. Si la nueva variante es lo suficientemente útil, la selección natural puede conducirla hasta la fijación, el estado en el que cada miembro de la población ahora tiene esa mutación particular en ese locus del genoma. Cuando eso suceda, todas las demás versiones de ese locus en el genoma se habrán extinguido, y ese locus ya no es variable en la población (hasta que surjan nuevas mutaciones).
Sin embargo, la gran mayoría de las variaciones no son útiles cuando aparecen por primera vez, sino que son neutrales. Se propagan a través de la población por deriva genética aleatoria, y rara vez alcanzarán la fijación (la deriva genética puede conducir una variante a la fijación, por casualidad, pero no es común que esto suceda, particularmente en poblaciones grandes). Cuando el ambiente es generalmente estable, se pueden acumular muchas variantes en un locus específico del genoma, todas las cuales son más o menos neutrales, y cada una se encuentra en una cierta proporción de la población.
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Finalmente, quizás generaciones después, el entorno cambia. Algunas de las variaciones que alguna vez fueron neutrales ahora son ventajosas, mientras que otras pueden volverse desventajosas.
La mayoría de las veces, cuando vemos que la selección natural actúa en la naturaleza, actúa sobre variantes que ya existen, y que ya han estado en la población durante mucho tiempo, que son útiles en las condiciones actuales, pero que probablemente fueron neutrales cuando comenzaron apareció, cuando las condiciones en el pasado eran diferentes.
