Hay dos escuelas de pensamiento acerca de esto.
La primera es que solo las modificaciones que son heredables a través de la mitosis (es decir, transmitidas de una generación de células a la siguiente, no necesariamente de una generación de individuos a la siguiente) deben clasificarse como epigenéticas. Este pensamiento generalmente se basa en la definición clásica de epigenética, que Conrad Waddington derivó en la década de 1940 de un modelo anterior de desarrollo embrionario llamado epigénesis (más información en este artículo de Nature sobre controversias científicas, que incluye un resumen del largo debate sobre la definición de la palabra epigenética: Lengua: definiciones en disputa). La metilación del ADN es claramente estable a través de la mitosis: las mismas bases que están metiladas en la célula madre, en la mayoría de los casos, están metiladas en ambas células hijas. Sin embargo, las modificaciones de histonas son mucho menos estables, por lo que generalmente se excluyen de la definición clásica.
La segunda forma de ver las cosas es que la definición de epigenética ha evolucionado legítimamente para incluir otros cambios en la secuencia que no son de ADN que afectan la forma en que se expresan los genes: modificaciones de histonas, estructura de cromatina, miRNAs, lncRNAs, etc. Todos estos aspectos de la regulación transcripcional son claramente estrechamente relacionados entre sí y con los factores de transcripción, por lo que existe el caso de que todas esas modificaciones puedan considerarse epigenéticas. Tiendo a caer en este segundo campamento. El lenguaje evoluciona, y también lo hace la ciencia: ni siquiera conocíamos la estructura del ADN cuando Waddington acuñó por primera vez el término epigenético.
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Los límites entre las dos opciones se desdibujaron ligeramente por el descubrimiento en 2014 de que las histonas pueden pasar de las células parentales a las mismas partes del genoma en las células hijas, mientras que el ADN se está replicando: http: //www.the-scientist. com /? ar … Sin embargo, aún no está claro si se trata de un fenómeno general, ni qué tan importante es en realidad.