Su pregunta es muy vaga. ¿Qué quieres decir con poderoso? Por ejemplo, es posible obtener imágenes a través de medios turbios, como ejemplo puede verificar
[0910.0873] Desorden explotador para un enfoque perfecto
Esta estrategia se basa en ajustar la fase de onda frontal de un rayo láser para enfocar después de varias interacciones de dispersión. Eso, para mí, parece bastante poderoso.
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Durante los últimos 25 años, la microscopía de molécula única ha estado presente, abriendo nuevos conocimientos sobre la biología y, finalmente, conduciendo a un premio Nobel.
El Premio Nobel de Química 2014
También hay una técnica que permite detectar objetos absorbentes (que no necesariamente fluorescen), y se llama microscopía fototérmica. Puedes consultar por ejemplo
Detección a temperatura ambiente de la absorción de una sola molécula por contraste fototérmico
Al final, lo que considero que el microscopio más poderoso hasta la fecha es el microscopio confocal simple.
Conceptos confocales introductorios
Se utiliza en casi todos los laboratorios de biología, hospitales, laboratorios de física. Además, es donde se construyen las técnicas de súper resolución, o los enfoques fototérmicos o muchos otros. Muchos enfoques de las computadoras cuánticas incluyen un microscopio confocal en algún momento. Eso me parece lo suficientemente poderoso.