Cómo comparar las secuencias de nucleótidos de cromosomas completos

Francamente, no lo haces.

Usted tampoco:

  1. Compare genes / secuencias específicas a nivel de nucleótidos de homólogos (genes duplicados). Para esto utiliza el software de alineación.
  2. Compare la Synteny entre cromosomas, que determina el orden de los genes (es decir, un mapa genético).

Editar / actualizar:

Acabo de sentarme en una charla de Harris Lewin. No hay nada que contradiga mi respuesta, pero los mapas genéticos genómicos de alta resolución están basados ​​en secuencias. Requieren secuencias de muy alta calidad (lecturas largas, andamios) y algoritmos. Si eres un investigador que investiga más sobre esto, comienza aquí:
Dinámica de la evolución del cromosoma de mamíferos inferida de mapas comparativos multiespecies

Hay trabajos más recientes, pero no creo que hayan sido publicados todavía.

Utiliza un software de alineación de ADN que es capaz de manejar secuencias de longitud del genoma. Este software alinea el ADN donde sea idéntico, creando huecos según sea necesario y resaltando las porciones no idénticas.

Lista de software de alineación de secuencias – Wikipedia