El origen histórico exacto de Chlamydia no se conoce con certeza, pero probablemente ha existido durante siglos, o incluso desde la antigüedad. Hay registros de la antigüedad (por ejemplo, el antiguo Egipto) de personas que sufren síntomas similares a la clamidia, por ejemplo, sensación de ardor al orinar. En los viejos tiempos, la clamidia probablemente se confunde con la gonorrea, ya que sus síntomas son similares.
El descubrimiento de Chlamydia a veces se atribuye a Stanislaus von Prowazek, un científico checo, en 1907.
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Esto se debe a que fue el primero en estudiar su etiología (su causa). Antes de este tiempo, la clamidia era reconocida como una enfermedad, pero no se conocía el agente causal. De hecho, muchos pensaron que la gonorrea era realmente responsable de los síntomas de la clamidia y no se dieron cuenta de que había dos patógenos diferentes.
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