El efecto fundador es el resultado de un cuello de botella que ocurre dentro de las poblaciones que descienden de un pequeño número de ancestros colonizadores y, por lo tanto, poseen una cantidad reducida de diversidad genética.
Como se muestra arriba, los fundadores representan un pequeño grupo de colonizadores que comienzan el comienzo de sus propias poblaciones aisladas; sin embargo, un grupo pequeño también significa que la variación genética general terminará siendo limitada y limitada con cada nueva generación que pase.
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La forma en que este fenómeno se desarrolla en realidad en lugar de solo en papel es mucho más grave. Una variación genética más baja tiene serias consecuencias en la salud de un organismo. La baja diversidad genética tiende a dar como resultado una mayor incidencia de enfermedades hereditarias que ocurren como resultado de la depresión endogámica . El ejemplo ilustrado a continuación ayuda a resaltar el impacto potencial del efecto fundador.