Cómo encontrar la secuencia de un gen específico

Ejecuté un BLAST (Herramienta de búsqueda de alineación local básica) en NCBI comparando sus secuencias de ARN con la secuencia del gen Xbp1. Puede usar la opción “alinear dos secuencias” para comparar las secuencias.

UCSC Genome Browser v342 Esta base de datos parece tener su secuencia objetivo.

Espere huecos ya que está viendo la secuencia de ADN donde los intrones aún no se han empalmado.

Es posible que deba convertir su archivo fastq a formato fasta para que NCBI pueda leerlo. Si no es demasiado largo, puede hacerlo manualmente eliminando las líneas de calidad y cambiando el encabezado a

> “Su nombre de elección”

la secuencia de ARN comenzaría en la siguiente línea.

Si esto no es plausible, R y biopython, etc., todos tienen paquetes que le permiten hacer esto (no dude en solicitar más detalles, me siento más cómodo con R, también, hay muchos recursos en línea). Creo que también hay sitios web en línea que lo hacen por usted, pero nunca los he utilizado yo mismo, así que no puedo dar ninguna sugerencia concreta.

¡La mejor de las suertes! Espero que esto haya sido de alguna manera útil.

Esa pregunta está muy por encima de mi escala salarial. Tal vez tenemos genetistas aquí que realmente hacen ese tipo de análisis.

Entregué bebés, trabajé en los sistemas de radar de Regan’s Star Wars (ABM) antes de eso. Podría convertirme en genetista en mi próxima vida (es broma).