No hay sistemas verdaderamente aislados (si por “cerrado” queremos decir “aislado”, como creo que suele ser el caso), en general. Incluso un agujero negro tiene cosas que caen en él.
En termodinámica, surge la idea de la conservación de energía para sistemas aislados. Los procesos nucleares parecerían violar esta ley, pero en primer lugar, podríamos considerar la energía derivada de los procesos nucleares como una forma de “energía interna” latente en la materia, y en segundo lugar, hemos llegado a considerar la materia y la energía como simplemente convertibles entre sí.
Todas las leyes físicas dejan inherentemente claro que solo debemos aplicarlas a ciertos tipos de procesos, por lo que para los procesos a los que una ley no se aplica claramente, simplemente no la aplicamos, en lugar de decir que estos procesos violan la ley.
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En el caso particular de la termodinámica, no estoy completamente seguro, pero creo que podríamos decir que se aplica a absolutamente todos los sistemas macroscópicos, incluso cuando incluyen procesos nucleares, donde “macroscópico” está mal definido, pero sabemos cuándo estamos tomando libertades con la idea.
Los creadores de la termodinámica, Clausius, Carnot y otros, solo tenían una idea vaga sobre lo que realmente representaba la “energía interna” o el “trabajo interior”, pero eso no es un problema para la teoría, que es una teoría macroscópica y es agnóstica sobre la microestructura de sustancias; Si surgieran nuevas formas de energía interna, tampoco sería un problema.
Del mismo modo, podríamos considerar que los procesos nucleares violan la conservación de la materia, pero tiene más sentido decir que la ley no ha sido violada, excepto en el sentido de que la materia y la energía son interconvertibles, lo que, por supuesto, es una visión relativamente moderna, y que la mayoría del tiempo no hace diferencia a lo que observamos.