No, aproximadamente el 99% del ADN es el mismo entre los humanos, no el 99% de los genes. No estoy seguro de lo que quiere decir con la pregunta “¿algunas poblaciones aisladas tienen un mayor porcentaje de diferencia genética?”. ¿Mayor porcentaje de diferencia genética entre qué? ¿Entre poblaciones aisladas y otras poblaciones, o mayores diferencias genéticas entre individuos en esa población?
¿Es probable que las poblaciones aisladas (y, por lo tanto, más pequeñas) sean más genéticamente homogéneas que las poblaciones más grandes (es decir, la heterocigosidad en poblaciones aisladas pequeñas es probable que sea menor que en poblaciones grandes y bien mezcladas)? Se esperaría que las poblaciones pequeñas tengan menos diferenciación genética dentro de esas poblaciones que las poblaciones grandes, debido a los efectos combinados de la deriva genética, la endogamia, y es probable que experimenten un ambiente más común y consistente que favorezca la selección estabilizadora.
Por la misma razón, es probable que sean genéticamente más distintos de las poblaciones no aisladas que dos poblaciones no aisladas entre sí, porque estar aislado significa un flujo genético limitado, y el flujo genético dará como resultado una población genéticamente más homogénea.
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