Las especies que tienen mutaciones similares están relacionadas entre sí de una forma u otra
Retrocedamos en el tiempo y tomemos la mutación para la formación del ojo como ejemplo.
Todos sabemos que cuando la vida llegó a existir era solo unicelular, pero durante el transcurso del tiempo, una generación particular de esos organismos unicelulares desarrolló algún tipo de mutación (probablemente debido al entorno en el que vivían) que los ayudó a detectar la luz ( fuente de energía) y, en consecuencia, sobrevivieron mejor y la mutación se extendió a sus próximas generaciones
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Esta mutación durante millones de años se volvió tan eficiente y protectora (desarrollando pupila, córnea, retina, etc.) hasta que se parecía al ojo actual.
PD: Todavía está experimentando cambios evolutivos para adaptarse al medio ambiente actual en una u otra generación de especies (y nosotros los humanos solo podemos observar eso si podemos viajar en el tiempo)
Llegando al punto de ver una mutación única formada hace unos mil millones de años, se propaga a muchos animales, incluidos los humanos actuales.
Imagina que esto sucede en una escala terrenal con tanto tiempo, tantas posibilidades (mutaciones) que la mayoría de las mutaciones mueren y algunas muy pocas sobreviven y solo vemos las mutaciones que dan una gran ventaja de supervivencia a la vida
Y para responder a su pregunta exactamente, las especies probablemente no desarrollen mutaciones similares independientes, solo la mutación que sobrevive al ser útiles pasa a diferentes especies
Fuente para el ejemplo de formación ocular: Cosmos A Spacetime Odyssey