¿Por qué la estructura del ADN es una doble hélice?

[1] El ADN es una molécula enorme, un polímero formado por numerosos monómeros repetidos llamados nucleótidos. La hélice es una respuesta general al apilamiento de unidades de monómero individuales en un polímero.

Considere la repetición o los nucleótidos del ADN como un bloque de construcción.
Los nucleótidos son moléculas quirales, asimétricas, y no bloques poligonales regulares. Es muy probable que haya cierta asimetría en la forma en que se apilan los nucleótidos. Considere el nucleótido azul como se muestra a continuación.


Cuando se agrega el segundo nucleótido rojo, se apila sobre él con desplazamiento hacia un lado como se muestra a continuación.


Si se agregan más y más nucleótidos con la misma orientación relativa, se genera un ADN de cadena sencilla helicoidal como se muestra a continuación.


En realidad, sería difícil organizar la relación de un nucleótido con el siguiente, dada la asimetría de la molécula, para que las adiciones repetidas de nucleótidos no formen una estructura helicoidal. La otra cadena se puede formar de forma similar estructurando una doble hélice.

La forma real del ADN está determinada por los ángulos de enlace permitidos en el esqueleto de azúcar-fosfato, la forma en que las bases hidrofóbicas se apilan juntas y la interacción entre las dos cadenas. El modelo simple presentado aquí no sustituye este tipo de explicación molecular de la conformación real del ADN.

[2] Otra explicación de la estructura helicoidal proviene de la solubilidad de diferentes partes del ADN en el agua. El azúcar y los fosfatos son hidrófilos, pero las bases (A, T, C, G) son hidrófobas. Las bases se vuelven solubles en agua una vez que se unen a un azúcar y un fosfato para formar un nucleótido. Para evitar el agua, las bases deben apilarse en el centro, mientras que el azúcar y los fosfatos permanecen afuera. La mayor parte del espacio en las celdas está lleno de agua. Pero si las bases solo se apilan, esto dejará espacio (agujero) entre las bases a través del cual el agua puede colarse.

Una solución para cubrir este espacio y evitar que las bases entren en contacto con el agua es colocar otra cadena para cubrirlo formando una escalera recta y sesgar la escalera hacia un lado como una escalera. La escalera sesgada cierra la brecha, pero en esta disposición, los átomos vecinos chocan entre sí. Para evitar chocar entre sí, la escalera tiene que girar un poco convirtiéndola en una escalera de caracol, que es la razón de la forma helicoidal.

Contenido adaptado de:

[1] ¿Por qué el ADN es una hélice? (Las animaciones son increíbles)

[2] Comprender la genética (por el Dr. Rama Balakrishnan, Universidad de Stanford)

En resumen, estabilidad termodinámica **.

** que es mi respuesta estándar a la mayoría de las preguntas (a menos que haya una estabilidad cinética opuesta) sobre por qué el polímero A adopta la conformación B en el entorno C.


El ADN puede adoptar varias conformaciones, pero mantiene una estructura helicoidal puramente basada en la compensación de entalpía-entropía entre la molécula y su entorno.

  • Múltiples factores contribuyen al equilibrio entre conformaciones monocatenarias y bicatenarias. A pesar de que el enlace de hidrógeno (H) generalmente se menciona, las bases ya pueden formar enlaces H con agua, y las contribuciones del enlace H no son tan significativas como algunas de las otras fuerzas. También hay un costo entrópico para la formación de la estructura helicoidal que otras fuerzas impulsoras superan.

Tabla 1: Varias fuerzas opuestas que contribuyen a la estabilidad del ADN [1]

  • La repulsión electrostática entre fosfatos y las interacciones de apilamiento / emparejamiento de bases *** a menudo se consideran las dos fuerzas impulsoras principales [1-3]. Uno favorece la helicidad (fosfatos), el otro se opone a la helicidad (bases).

Figura 1: imagen de dibujos animados que muestra el apilamiento de bases y la repulsión de fosfato. Es importante recordar que los fosfatos representan una nube de electronegatividad y no una carga puntual [2].

  • El solvente y los contra-iones presentes en el medio ambiente también juegan un papel importante (razón por la cual las interacciones proteína-ADN son súper sensibles a la concentración de iones / sal). La presencia de iones y un alto dieléctrico de agua disminuye el efecto de la repulsión de fosfato, logrando así un equilibrio entre el apilamiento y la energía electrostática.

Por lo tanto, la estructura helicoidal que adopta el ADN en presencia de iones y agua es una consecuencia directa de las diversas fuerzas moleculares.

Referencias
[1] Múltiples aspectos de ADN y ARN: de biofísica a bioinformática
[2] Página en gatech.edu
[3] Sobre la estabilidad de las estructuras de ácido nucleico en solución: entalpía – compensaciones de entropía, rotaciones internas y reversibilidad

Nota:
*** para más información sobre las interacciones de apilamiento de bases: ¿cómo un mayor contenido de GC induce una estructura secundaria en ácidos nucleicos?

Parte de la razón como indicó Tirath es que ciertas moléculas “como el agua”, “otras” lo evitan. Los primeros se denominan hidrófilos, los segundos, hidrófobos. Puedes ver esto en una vinagreta de ensalada. El aceite y el vinagre forman capas separadas. Puedes sacudirlo todo el día y toda la noche, pero se separarán rápidamente. Por lo tanto, la molécula de ADN, que está en una solución a base de agua, se pliega de manera tal que sus partes hidrofílicas están en el exterior, en contacto con las moléculas de agua, y sus partes hidrofóbicas se “esconden” del agua.

La segunda razón esencial tiene que ver con los ángulos formados cuando los átomos forman enlaces con otros átomos para formar una molécula. Cada átomo tiene una geometría natural preferida por la cual forma enlaces con otros átomos. Piense en tomarse de la mano con alguien, hay maneras que son cómodas, otras menos, y algunos ángulos son imposibles debido a cómo nuestras articulaciones no se doblarán. Es lo mismo para las estructuras moleculares. En el ADN, las posiciones más cómodas para sostener las manos causan la conformación helicoidal que Watson y Crick elaboraron y publicaron en abril de 1953, y con la que todos estamos familiarizados hoy. (1)

Ver ilustración: a, Helix, (b) Los grupos fosfato (PO4) son hidrófilos, mientras que los grupos AT y GC son hidrófobos. Los ángulos de enlace se pueden observar en la imagen (c)

(1) http://www.nature.com/nature/dna

(ADN A, B y Z)

La doble hélice a la que te refieres (llamada ADN B ) es una de las conformaciones más estables que puede asumir el ADN. Se pliega así debido a las débiles interacciones entre nucleótidos llamadas fuerzas de apilamiento . El apilamiento π – π es un fenómeno que observamos en muchos polímeros orgánicos que contienen anillos aromáticos como proteínas o poliestireno.

En realidad, es una Hélice DOBLE, y cada vez que preguntas “¿por qué esta cosa en mi cuerpo tiene esta forma?” La respuesta es casi siempre: “la evolución ha desarrollado ESTA forma como la MÁS ESTABLE”.

¿Por qué?

ADN = fosfatos + azúcares + esas bases oleosas y confiables “AGTC” que probablemente recuerdes de Jurassic Park , el original.

De esos TRES, los fosfatos (que en realidad son azúcares, tbh) y azúcares son hidrofílicos, les gusta el agua.

Las BASES AGTC son hidrófobas: no lo son.

Una vez que se unen (hacen nucleótidos ) todo está bien: especialmente porque lo hacen en una comedia de estilo de comedia de situación en la sala compartida : los nucleótidos forman una escalera.

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Marcia! ¡Quédate de tu lado de las cuentas de Greg Brady o le diré a mamá y a Alice, nuestra esclava !

Cállate, Jan “.

:: ;;:

Excepto al igual que los hermanos, una escalera no es SUFICIENTE.

:: ;;:

“¡ Me está tocando !”

:: ;;:

¿Entonces para asegurar que los lados no se toquen? Gira.

Deliciosamente genial, ¿eh?

Muchas personas perciben que la estructura helicoidal doble del ADN (izquierda) es una estructura extremadamente elegante y, de alguna manera, milagrosa. Claramente, la presencia de dos cadenas complementarias es una solución eficiente al problema de la replicación del ADN: cómo hacer dos copias exactas de un original, pero ¿por qué el ADN es helicoidal?

De hecho, como este breve tutorial pretende mostrarle, la hélice es una respuesta general al apilamiento de unidades de monómero individuales en un polímero: el ADN no puede evitar ser una hélice.

Este tutorial utiliza una utilidad llamada Jmol , que nos permite manipular estructuras tridimensionales. Si hace clic y arrastra la estructura de ADN, puede rotarla a voluntad. ¡Intentalo!

Las hélices son en realidad extremadamente comunes en las macromoléculas: el ejemplo obvio son las proteínas α-helixina, pero hay muchas otras:

  • La hélice de las subunidades de proteínas en el virus del mosaico del tabaco,
  • La hélice de las hélices α en la queratina α,
  • La triple hélice de las hélices de poliprolina-glicina en colágeno.

Incluso los tramos grandes de hojas en B tienen un giro helicoidal característico para zurdos cuando se ven de borde.

Para obtener más detalles, visite http://www.beyamed.com/page/heli

Además de la respuesta totalmente correcta de Marco sobre el apilamiento de enlaces pi, el esqueleto de pentosa-fosfato también se retuerce en ángulos específicos (más notablemente la ‘formación de fruncido C2’) que fuerza a cada nucleótido sucesivo en un cierto ángulo respectivo a su vecino, de modo que incluso El ADN trenzado, si se mantuviera inmóvil de alguna manera, formaría una forma espiral similar

Una razón muy simple para explicar la forma en que el ADN es helicoidal es que el ADN es una molécula hidrofóbica y, por lo tanto, trata de evitar el contacto con el agua, ahora si debe haber visto a personas secando su ropa lavada girándola en espiral para que la mayor parte del agua exprime el mismo método que eligió la naturaleza y, por lo tanto, para eliminar la mayor parte del agua de la vecindad del ADN, tomó una forma helicoidal formando enlaces intramoleculares.

Debido a que tiene que … hay ciertos factores como el impedimento estérico, la complementariedad de la base, etc., que permiten que el ADN adopte básicamente esta estructura de hélice … es necesario para hacerla más estable y controlar ciertos procesos simplemente por proteínas que se unen a su ranura principal. fácilmente sin ninguna interrupción …

Es más fácil que la estructura helicoidal se acomode incluso en un espacio menor que su tamaño original, como en el núcleo, donde el superenrollamiento se realiza muy fácilmente en el ADN para que encaje y la estructura helicoidal puede disfrazar fácilmente las regiones que son vulnerables a ciertos procesos. .. Entonces creo que es helicoidal por eso

Sigue sonriendo

♥ ️ @

Todas las respuestas son correctas pero omiten una observación importante. La molécula de ADN es como un hilo largo y delgado. Todas las moléculas de ADN en un solo núcleo de células humanas, cuando se extienden, tendrían entre 2 y 3 metros de largo.

La estructura de hélice (doble) es el primer paso que ayuda a acortar la molécula de ADN (seguida de pasos de plegado adicionales) para permitir examinar las moléculas largas en el pequeño volumen del núcleo.

No hay una excepción especial para el ADN; tiene esa estructura debido a los atributos químicos y físicos de los átomos que contiene. No fue diseñado para ser un sistema de almacenamiento estable y reproducible para información biológica, PERO eventualmente fue la mejor evolución de la estructura encontrada para ese propósito.

Por supuesto, podría haber una estructura aún mejor que la evolución nunca encontró. Pero la evolución solo podría dejar de usar ADN y comenzar a usar una estructura química diferente como material genético SI hubiera un camino gradual desde el ADN a la alternativa que fuera un poco mejor en cada paso de uno a otro, y que es muy poco probable que exista.

Debido a que el enlace formado entre dos enlaces fosfodiéster no es 180, está en el rango entre 120 ° a 240 °. Esta formación de enlace depende de la naturaleza de las moléculas (nucleótidos) involucradas en la formación.
Esto se puede entender fácilmente al dilucidar la formación de enlaces en el agua.

La otra cadena se puede formar de forma similar estructurando una doble hélice . La forma real del ADN está determinada por los ángulos de enlace permitidos en la cadena principal de azúcar-fosfato, la forma en que las bases hidrofóbicas se apilan juntas y la interacción entre las dos cadenas.

La estructura de doble hélice del ADN confiere una estabilidad adicional a la molécula de ADN en virtud de la superposición de planos de pares de bases. Lo que quiero decir es que, debido a la estructura helicoidal del ADN, el plano de un par de bases está en un cierto ángulo con respecto al par de bases justo encima de él y otro punto de ebullición justo debajo de él. ¡Esto a su vez reduce la tensión en la molécula y aumenta la estabilidad!

También puede comparar su estabilidad dibujando una analogía con dos cadenas.

Si toma dos cadenas y las coloca de lado a lado, puede suponer que es una disposición de ADN de cadena recta. Luego, enrolle las dos cuerdas enroscándolas. Puedes considerar que es la estructura helicoidal del ADN. Definitivamente, se puede inferir de esto que la hélice de ADN es mejor como una estructura molecular de ADN.

¡Espero eso ayude!

El ADN o el ácido desoxirribonucleico es un polímero que consta de monómeros que tienen tres componentes: un azúcar (ribosa), una base (A, C, G, T) y un fosfato. Dos de estos filamentos se unen en virtud de enlaces de hidrógeno entre bases para formar la estructura de ADN helicoidal doble. Ahora, estas bases son hidrófugas, es decir, no quieren entrar en contacto con el agua. Esto está asegurado por la estructura única doblemente infernal del ADN. Crea una bolsa hidrofóbica en el centro que no permite la entrada de agua.

La otra cadena se puede formar de forma similar estructurando una doble hélice . La forma real del ADN está determinada por los ángulos de enlace permitidos en la cadena principal de azúcar-fosfato, la forma en que las bases hidrofóbicas se apilan juntas y la interacción entre las dos cadenas.

Son enlaces H:

Esto podría interesarle y proporcionarle más aclaraciones: El descubrimiento de la estructura molecular del ADN: la doble hélice

(El ADN no siempre tiene que ser una doble hélice; las formas triples y cuaternarias no son inexistentes)

El ADN monocatenario existe por muchas razones. Algunas de las razones más importantes son:

1) Una doble hélice es muy estable en comparación con una sola cadena.

2) Una sola cadena no está tan restringida geométricamente como una doble hélice y esto evita movimientos moleculares no deseados que pueden alterar la estructura del ADN.

3) Tener una segunda cadena significa que si hay algún daño en el ADN de una cadena, se puede usar la otra cadena para repararlo. Por lo tanto, el daño no es fatal y puede repararse fácilmente.

Probablemente haya más razones, tanto conocidas como desconocidas, pero estas son las únicas que vienen a la mente.

La estructura de doble hélice ofrece cobertura para todos los genes para que se transcriban espontáneamente … Si se va a transcribir un gen en particular, entonces la doble hélice se desestabiliza a una sola cadena y la transcripción se lleva a cabo … Después de la transcripción, una vez más se convierte en doble hélice … Esta doble hélice también proporciona estabilidad termodinámica al ADN a través de los enlaces de hidrógeno presentes entre los nucleótidos

La estructura de doble hélice del ADN representa una estructura estable altamente termodinámica con el grupo fosfato cargado negativamente apuntando hacia afuera, ayudando en la interacción del ADN con otras moléculas. La doble hélice del ADN permite que sea estable y lo hace menos susceptible a la degradación.