Cuando se considera el procedimiento de purificación de ADN basado en una columna de sílice, la composición exacta de los tampones de unión difiere ligeramente según la muestra: extracción de gel, limpieza por PCR, eliminación de nucleótidos, etc. Siempre contienen una forma de agente caotrópico, generalmente tiocianato de guanidinio o guanidinio. hidrocloruro y un alcohol, generalmente etanol o isopropanol (véase, por ejemplo, la composición de los tampones Qiagen aquí), a un pH ligeramente ácido (inferior a 7,5) y alta concentración de sal. El propósito del tampón de unión es desnaturalizar las proteínas presentes en la muestra de ADN y exponer las cargas negativas de las moléculas de ADN. Los agentes caotrópicos cumplen ambas funciones al eliminar la capa acuosa alrededor de las moléculas, desestabilizando así su estructura. Una vez que se exponen las cargas negativas, la alta concentración de sal y el pH ácido permiten la formación de puentes de sal entre la sílice cargada negativamente y el esqueleto de ADN cargado negativamente por iones cargados positivamente.
Los tampones de lavado son básicamente etanol tamponado, y dado que el ADN es insoluble en alcoholes, permanece unido a la membrana de sílice.
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Los tampones de elución, por otro lado, son tampones acuosos ligeramente básicos con bajas concentraciones de sal (típicamente Tris-HCl 5–10 mM a pH 8,5). En estas condiciones, las cargas negativas de ADN y sílice pueden interactuar con las moléculas de agua, lo que permite que el ADN se desprenda de la membrana de sílice. El agua pura tiene un pH más cercano a 7 que 8.5, pero su baja fuerza iónica aún permite la neutralización de la carga y la elución del ADN. Al no estar tamponado, el ADN eluido en agua es algo menos estable que el ADN eluido en tampón.
Para mejorar la eficiencia (elución), puede intentar usar tampón en lugar de agua, hacer múltiples eluciones más pequeñas, usar tampón precalentado, hacer una incubación más larga (1 a 5 minutos) antes del centrifugado.
