No lo sé con certeza, esta es mi suposición, pero tengo algo de experiencia trabajando en epigenética y un doctorado en biología evolutiva.
Uno de los mecanismos por los cuales las células controlan la expresión de proteínas es a través de la metilación del ADN, es decir, uniendo grupos metilo al ADN mismo. Sin embargo, la metilación solo puede unirse a las citosinas y las islas adenina y CpG tienden a ser algunas de las regiones metiladas más comúnmente en el genoma. Supongo que la razón por la cual los promotores de los genes de limpieza tienen más islas CpG que genes específicos de tejido es que la regulación estricta y bien controlada de los genes de limpieza es más importante para la función celular adecuada que los genes específicos de tejido, por lo tanto, la necesidad de un mayor número de Islas CpG en proximidad de genes de limpieza que genes específicos de tejido.
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