¿Qué son las secuencias palindrómicas en el ADN?

En general, un palíndromo es una palabra o frase que se lee de manera idéntica ya sea en orientación hacia adelante o hacia atrás. Por ejemplo,

NIVEL

KAYAC

SEÑORA

Pero también frases más largas como

COCHE DE CARRERAS

UN HOMBRE, UN PLAN, UN CANAL: ¡PANAMÁ!

… si perdonas la puntuación en el último.

Bueno, es lo mismo para el ADN, donde una secuencia de nucleótidos se compone de las letras A, T, C y G. Puede o no saber que en una doble hélice, cada base está emparejada con una base que se ejecuta en la otra cadena. A pares con T y C pares con G. Por convención, escribimos la secuencia como una sola fila de caracteres, así:

5′-ATGCATACTCCG GATATC CGTTGCGTCGTC-3 ′ (Leer de izquierda a derecha)

3′-TACGTATGAGGG CTATAG GCAACGCAGCAG-5 ′ (Leer de derecha a izquierda)

Por lo tanto, puede ver en la ilustración anterior que la secuencia en negrita ( GATATC ) se lee igual en los hilos superior e inferior de la doble hélice. Esto supone que está leyendo desde la dirección 5-prime a 3-prime, que también es una convención.

Los palíndromos en las secuencias de ADN a menudo indican sitios de interacción con proteínas porque una doble hélice tridimensional está unida en el mismo lugar en ambas cadenas por una proteína que reconoce una sola secuencia. Esto es lo que quiero decir:

Cadenas de ADN (rojo y azul) en complejo con la endonucleasa EcoRV (verde) [1]:

¿Ves cómo la hélice de ADN está “rodeada” por la proteína? Bueno, esto tiene que ver con esa especificidad de secuencia palindrómica. ¡Esta es una enzima que corta el ADN en AMBAS cadenas! [2]

y como dicen los franceses, et voilà!

Notas al pie

[1] proteína de unión al ADN – Wikipedia

[2] EcoRV – Wikipedia