Puede hacer eso porque el número de protones determina qué elemento es. El número de neutrones determina en gran medida qué tan estable (es probable que cambie a otro elemento). El número de electrones es más relevante para cambiar los enlaces químicos y es en gran medida irrelevante para un cambio en el núcleo.
En cuanto a lo fácil y barato, o incluso a ser exacto en el cambio que creas, ese no es el caso porque, en términos generales, necesitas un acelerador de partículas y tienes que bombardear muchos átomos con muchas partículas para obtener una cantidad significativa. Técnicamente eso sería agregar, no quitar.
De lo contrario, tendrías que ser esencialmente un dios ilimitado por la física y la forma en que la física opera en este universo.
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Si tiene tiempo ilimitado, podría esperar a que todas las partículas cambien por sí mismas, ya que cada átomo existente tiene algún tipo de vida media en la que la mitad se convertirá en algo más, por lo general, va a iluminar elementos más estables, incluso si no directamente. Necesitaría mantener esas partículas más pequeñas lejos de cuerpos extremadamente densos como agujeros negros, o incluso estrellas normales que son lo suficientemente densas como para fusionar elementos hasta el hierro. Creo que cualquier cosa más densa que el hierro requiere una supernova.