En la PCR, ¿por qué no ponemos ARN, que ya es monocatenario? ¿Por qué usamos ADNc en lugar de ARN directamente cuando realizamos RT-PCR?

Bueno, es decir, porque la PCR no está destinada a duplicar simplemente cadenas individuales aleatorias de ARN en solución, está destinada a Amplificar cadenas completas totales de ADNc previamente intacto lisado durante el primer ciclo de alta temperatura (fusión), agregando cebadores, DNTP y polimerasa a hacer una cadena hermana para cada uno de los intactos, pero ahora cadenas individuales de ADNc … De esta manera, la reacción en cadena puede amplificar una molécula de ADNc única (de cadena doble) de manera exponencial … 1 ADNc se convierte en 2, 2 se convierte en 4, 4 se convierte en 8, 8 se convierte en 16, 16 se convierte en 32 … y así sucesivamente hasta que uno de sus reactivos se agota y el proceso se ve obligado a cesar. El resultado final es generalmente ~ 1,000,000x + cantidad de la cadena idéntica de ADNc con la que originalmente comenzó, para usar en una multitud de otras experimentaciones.

Si usó un producto de ARN monocatenario para comenzar, además de posibles problemas de fractura, problemas de contaminación más fáciles, problemas de cebadores y un miasma de otros factores complicantes … El mismo problema que Kary Mullis estaba tratando de resolver cuando inventó la PCR, era lograr una amplificación exponencial de un producto de ADNc … Intentar lograr esto comenzando con un producto monocatenario, si incluso tiene mucho éxito real, SIEMPRE es va a producir mucho menos producto porque un material de partida monocatenario niega casi por completo el factor de amplificación (es decir, carece del potencial de crecimiento exponencial) de su cDNA homólogo de doble cadena …

RT, bueno, básicamente la misma idea … simplemente usando una enzima diferente como su polimerasa, es decir, la transcriptasa inversa, que creo que incluso para los procesos de RT-PCR todavía se obtiene de orígenes virales para el proceso, en oposición a una de sus variedades de Thermophilus aquaticus de polimerasa que generalmente usaría en sus reacciones de amplificación de PCR de ciclo múltiple estándar.

Entonces, si no lo arruinas por completo, puedes … clonar un gen de tu elección en una colonia bacteriana, para que cambie de color … o huela raro … o produzca vitamina C … o telarañas … o todo a la vez !!

O puede identificar al verdadero asesino, por lo que el tipo inocente que ya cumplió 28 años por un asesinato que no cometió totalmente, pero por alguna razón todavía tiene una actitud realmente genial sobre todo, finalmente puede salir y sentir el sol en su piel … junto con el sinfín de fruncir el ceño de sus antiguos amigos y vecinos !!

O si tiene habilidades realmente locas, lo suficientemente grandes como para extraer y copiar una hebra completa de ADN genómico … y una carga de equipos de FIV … un huevo vacío y una perra dispuesta para usar como incubadora de clones de cachorros … ¡OMG, una camada de tus cachorros favoritos de tu infancia, los más fallecidos! Yaaaaay !!!

También sé cómo construir un robot gigante que pueda hacer Like All … bueno, tal vez el 92% de todas estas cosas para ti.

Pero yo divago…

Preguntas, comentarios?

¡¡Disfrutar!!

-Ryan

Principalmente porque las ADN polimerasas termoestables utilizadas en la PCR no reconocerán / amplificarán el ARN. Es por eso que para la PCR, se hace un ADNc a partir del ARN con una ADN polimerasa dependiente de ARN. Posteriormente, las ADN polimerasas termoestables pueden usarse en la PCR para amplificar esa cadena de ADNc.

Usamos RT-PCR para convertir ARN en ADNc. No utilizamos ARN directamente en PCR porque,

  1. El ARN es bastante inestable en la naturaleza.
  2. El uso de ARN polimerasa dependiente de ARN puede dar una alta tasa de error.

El ARN es muy inestable. Con la longitud de la mayoría de los ARNm, no se mantendrán estables a las temperaturas requeridas por una polimerasa activa durante mucho tiempo. El ADNc, sin embargo, es muy estable.

Del mismo modo, la amplificación requiere tanto la cadena sensorial como la cadena antisentido para duplicar cada ciclo. Tenemos una enzima (polimerasa taq) que hace un muy buen trabajo replicando el ADN cuando lo guiamos a los lugares correctos con un conjunto de cebadores.

Es por eso que cuantificar un ARNm, incluso utilizando un método no basado en PCR como RNA-seq, requiere un paso de RT para sintetizar el ADNc primero.

La PCR en tiempo real requiere la conversión de ARN a ADN complementario. No podemos poner ARN porque necesitamos convertirlo primero en ADN mediante transcriptasa inversa.

Y cuando finalmente convertimos ARN → ADNc, podemos diseñar cebadores complementarios a la cadena que queremos o usando el ensayo Taqman o el ensayo verde SYBER para completar nuestro análisis sobre la unión complementaria de nuestros cebadores con los marcadores de fluorescencia unidos a él para darnos un indicación de que hay encuadernación y extensión.