El volumen de una molécula está determinado solo por la posición de los núcleos y el elemento atómico en cada posición. Entonces, si las posiciones de los núcleos no cambian con el cambio de estado, entonces el volumen tampoco cambia, ese sería el caso de moléculas rígidas como, por ejemplo, el CO2. Las moléculas flexibles, las que tienen grupos que pueden rotar a lo largo de un enlace, ya no tienen un volumen muy bien definido, ya que los núcleos generalmente se desploman y adoptan varias “conformaciones”. Cuando son posibles varias conformaciones, las que tienen la energía más baja se ven la mayor parte del tiempo y determinarían el volumen. El envasado en un sólido o líquido puede hacer que una conformación particular sea más estable que en la fase gaseosa, cambiando así el volumen.
El volumen molecular no es una propiedad muy bien definida como el volumen de un sólido ya que una molécula es solo un grupo de núcleos rodeados por una nube de electrones. La forma más común de calcular el volumen de una molécula es colocar, en cada posición del núcleo, una esfera de radio igual al radio de van der Waals del elemento correspondiente. Dado que las esferas se superponen, no puede simplemente agregar el volumen de cada esfera, sino que se utilizan algoritmos especiales como el de Voronoi para descomponer el volumen en partes que se pueden sumar.
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