Las manchas solares no son oscuras, pero son relativamente más frías que la corona circundante. Parecen más oscuros contra el fondo extremadamente brillante. La pregunta debería ser, ¿por qué nos atraviesan menos fotones hacia nosotros?
A la temperatura de la corona del sol, aproximadamente 10,000,000 grados F, el gas está tan caliente que ya no está compuesto de átomos neutros, sino que está en ese estado de materia altamente ionizado llamado plasma. Los iones de plasma chocan e interactúan con los fotones. Las manchas solares también están asociadas con esas fuerzas magnéticas. El plasma cargado se incrusta en las líneas de fuerza magnéticas de tal manera que las cargas en movimiento doblan y retuercen las líneas del campo magnético en esos hermosos bucles y arcos.
Cuando los fotones que escapan del núcleo interactúan con las cargas atrapadas, pierden energía y se vuelven más rojos. Los retorcidos arcos de plasma atrapados muy por encima de la corona caliente, irradian calor y se enfrían un poco. La radiación del cuerpo negro del plasma más frío está en un pico más rojo que la corona más caliente, al igual que una pieza de hierro del horno de un herrero se enfría al rojo del amarillo brillante.
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Los fotones también se dispersan en direcciones aleatorias. La dispersión y el enrojecimiento hacen que las manchas solares magnéticas se vean más oscuras.